История создания государственного природного заповедника "Тунгусский" неразрывно связана с историей изучения замечательного и до сих пор ещё до конца не расшифрованного природного явления, случившегося 30 июня 1908 года. В этот день в междуречье Подкаменной Тунгуски и её правого притока Чуни (Южная Эвенкия), в 70 километрах к северо-западу от посёлка Ванавара произошёл сверхмощный взрыв (10-40 мегатонн) грандиозный взрыв космического объекта неустановленной природы, известного под названием "Тунгусский метеорит".

Идея сохранения района Тунгусского феномена для будущих поколений принадлежит Л.А. Кулику. Впоследствии её неоднократно высказывал Е.Е. Сыроечковский и К.П. Флоренский; этот вопрос обсуждался на Всесоюзной метеоритной конференции в Киеве в 1960 году. Много сделал для создания заповедника "Тунгусский", известный сибирский географ и гляциолог профессор М.В. Тронов. Необходимость заповедания этого района стала особенно очевидной в начале 70-х годов, когда возникла реальная угроза нарушения местных биоценозов вследствие широкомасштабных геологоразведочных работ, поисков нефти и газа, неограниченного туризма.

Общая площадь заповедника 296 562 га. Территория заповедника может быть подразделена на две части. 
Первая площадью примерно 215 тыс. га, подверглась в 1908 году непосредственному воздействию факторов тунгусского взрыва (ударная волна, излучение, связанный со взрывом лесной пожар). Эта территория является главным "полигоном" изучения экологических последствий Тунгусского метеорита.
Другая часть территории прямому воздействию взрыва не подвергалась и представляет научный интерес с двух точек зрения. Прежде всего, она является эталонным районом, в котором могут проводиться исследования природных комплексов, мониторинг глобальных техногенных загрязнений и процессов влияния на биосферу переноса вулканических, промышленных и других терригенных аэрозолей. Кроме того, являясь контрольной по отношению к первой, она служит фоном для изучения экологических последствий Тунгусского взрыва.