Растительный покров района очень сложен, эта территория относится к Южно-Эвенкийской провинции Средней Сибири занимает промежуточное положение между зоной южнотаёжных сосновых лесов бассейна Ангары и зоной северотаёжных лиственничных лесов к северу от Нижней Тунгуски, а по условиям представляет собой нечто среднее между Западной и Восточной Сибирью с присущими им умеренно и резко-континентальными типами климата. Вследствие этого - происходит наложение ареалов и широкое развитие гибридизации между отдельными видами. При этом некоторые из гибридов могут выступать в качестве строителей растительных сообществ на значительных площадях, например лиственница сибирская - лиственница Гмелина.
Растительный покров района образован лесами, заболоченными кустарниковыми сообществами и редколесьями, болотами, лугами, группировками щебнистых склонов и курумников, водной растительностью. Неоднородность возрастного состава и качественного состояния древостоев - одна из природных особенностей исходных типов леса из за постоянных лесных пожаров (за последние 200 лет в этом районе зарегистрировано 5 крупных лесных пожаров, включая пожар 1908 года).
Леса занимают 70% площади. Светлохвойные леса в районе падения образованы сосной, гибридной формой лиственницы и, в меньшей степени лиственницей сибирской. Характерно небольшое участие в древесном ярусе берёз: широколиственной и саянской. Выделяют толокнянковую, лишайниковую, спирейную, травяно-кустарниковую, кустарничково-зеленомошную и ольховниково-кустарничково-зеленомошную группы светлохвойных лесов. Как видно из названий групп светлохвойных лесов подлесок и покров могут сильно варьировать. Наиболее часто в подлеске встречается ольха, душекия и карликовая берёза, а в покрове брусника, голубика, злаки, мхи, в меньшей степени распространён покров из лишайников. Светлохвойные леса в целом - господствующая формация по району (занимает более 70% лесопокрытой площади). Редко, небольшими массивами, в районе встречаются темнохвойные леса. Основа древостоя ель в меньшей степени кедр.
Кустарничковый ярус развит слабо, покров образован этажным мхом. Особую группу образуют леса, развитые по руслам рек, шириной 5 - 20 м. Это елово-лиственничные-бруснично-зеленомошные леса. Первый ярус деревьев образует лиственница, второй - ель. Кустарничковый ярус многовидовой: голубика, можжевельник, ивы, брусника. Значительное участие в покрове травянистых растений. Заболоченные редколесья из лиственницы и ели, полнота древостоя ниже 0,4, занимают до 10% площади. В покрове преобладают мхи, голубика, осоки, местами клюква. Данный тип приурочен к долинам ручьёв и рек, нижним частям склонов, глубоким логам.
Ерники - заболоченный тип растительности из берёзы приземистой и берёзы карликовой. Занимают 5 - 7 % площади, приурочены к долинам мелких речек, ручьёв, подстилаемых мёрзлыми грунтами. Древостой угнетён (лиственница, ель) не сомкнут, высота 1,5 - 3 м. Основу фитоценозов составляют Берёзы приземистая и карликовая, высотой до 1,5 м (обычно 0,7 - 0,8 м).
Болота развиваются у оснований склонов рек и ручьёв, занимают крупные депрессии рельефа, на слонах долин, террасах рек и водораздельных плато. Распространены также торфяники верхового типа. Растительные группировки каменистых и щебнистых местообитаний можно разделить на три группы: кустарничковые и камнеломково - кустарничковые сухих щебнистых вершин трапповых гор, кустарничковые заросли курумников и несомкнутые травянистые группировки скалистых выходов. Основные кустарники - шиповник, спиреи, брусника, чёрная смородина, малина сахалинская. Первичные луга развиты вдоль русел крупных рек и ежегодно заливаются, средообразующие виды - пырей, пырейник, разнотравье.
Всего на луга, петрофитные группировки, водные и прибрежно - водные сообщества приходится менее 1% площади района. Наиболее древние типы растительности данного района - растительные группировки каменистых выходов, безлесных вершин гор и ерники. Разорванный характер распространения темнохвойных лесов (небольшими массивами, удалёнными друг от друга на значительные расстояния, приуроченность их к защищённым укрытым местам и сохранения при этом всего комплекса присущих этой формации элементов таёжного мелкотравья) позволяют их рассматривать как отпечатки более влажных и тёплых периодов послеледникового времени. В наибольшей степени отвечают современной климатической обстановке светлохвойные леса района. Они относительно молоды в историческом отношении и прогрессивно расселяются по новым типам местообитаний.
На данный момент на территории заповедника «Тунгусский» разнообразие флоры представлено:
мхами – 75 видов
лишайниками – 89 видов
грибами – 293 вида
водорослями – 118 видов
сосудистыми растениями – 485 видов
Отделы сосудистых растений представлены:
плаунами – 2 вида
хвощами – 7 видов
папоротникообразными – 10 видов
голосеменными – 7 видов
покрытосеменными – 459 видов
Из них 5 видов сосудистых растений внесены в Красную книгу РФ, 18 видов сосудистых растений и 5 видов грибов включены Красную книгу Красноярского края и 1 вид лишайника – отмечен в Красных книгах РФ и Красноярского края.
Во флоре заповедника присутствуют 16 эндемичных видов и 2 эндемичных подвида, включая узколокальный эндемик Тунгусско-Чунского района (Эвенкия) – Астрагал Шумиловой.
В заповеднике встречаются 47 видов реликтовых растений, крайне редких на территории северной тайги Средней Сибири. В их числе 3 вида неморальных реликтов (растений широколиственных лесов); 17 видов перигляциальных реликтов и 27 видов степных реликтов (один из их видов внесен в Красную книгу Красноярского края).
Для территории заповедника характерно высоко видовое разнообразие сосудистых растений (485 видов), обусловленное взаимопроникновением и мозаичным смешением растительного покрова, а так же наложением ареалов, при этом для 93 видов сосудистых растений территория заповедника является частью границы ареала.
