Современный рельеф заповедника является характерным для междуречья Подкаменной Тунгуски и её самым крупным притоком Чуни и представляет собой невысокое плато, сложенное с поверхности рыхлыми четвертичными наносами и расчленённое глубоко врезанными долинами рек на отдельные, иногда хребтообразно удлинённые плоские междуречья. Отдельные выходы трапповых тел возвышаются в виде конусообразных сопок или столовых гор с относительной высотой 100-300 м.
Самая высокая точка заповедника располагается на отрогах цепи сопок, называемой Лакурским хребтом, - 533 м над уровнем моря. Вторая по высоте вершина – гора Фаррингтон, расположена близ места Тунгусской катастрофы. Её абсолютная высота – 521,8 м над уровнем моря. Цепь сопок на междуречье рек Хушмо и Кимчу прорезана долиной ручья Чургим, образующего эффектный водопад высотой 10 м.
Долины ручьёв по большей части заболочены из-за близкого залегания грунтовых вод к поверхности земли.