Водные ресурсы, охраняемые в Тунгусском заповеднике, дают жизнь обитателям дикой природы.  Площадь водосбора реки Хушмы полностью охвачена территорией заповедника.  Долина реки Чамба сильно заболочена, изобилует старицами и небольшими пойменными озерами. Северная граница заповедника охватывает верхнее и среднее течение реки Кимчу (левый приток реки  Чуни), включая глубокое проточное озеро Чеко, глубина которого достигает 54 м. Все реки берут начало из водораздельных болот. 

На западной границе заповедника находятся  три озера – Пеюнгда, Среднее и Заповедное. Озеро Пеюнгда- глубина  составляет около  27 м. История происхождения озера пока остается загадкой. Поскольку физикогеографические особенности не оставляют однозначного ответа о его происхождении, а рождают много гипотез требующих научного подтверждения. Озеро Среднее глубина  18 м.  Донные отложения представляли собой ил с большим количеством растительных осадков, слоистость отсутствует.  Озеро Заповедное  глубина около 47 м.

На озерах Тунгусского заповедника проводятся научно-исследовательские работы   совместной экспедицией Института биофизики СО РАН и Института геологии и минералогии СО РАН.